澎湖縣立中正國(guó)民中學(xué)成立於民國(guó)57年(1968)，是實(shí)施九年國(guó)民教育後，馬公市成立的第二所國(guó)民中學(xué)，校址設(shè)於菜園里(後改劃入光華里)，以
中山、石泉、東衛(wèi)、興仁、山水、五德、時(shí)裡、風(fēng)櫃、虎井、桶盤、花嶼、嶼坪、大倉(cāng)十三所國(guó)民小學(xué)為學(xué)區(qū)。民國(guó)59年(1970)八月，因澎南地區(qū)國(guó)中就學(xué)人口不斷增加，在五德里設(shè)立澎南分部，民國(guó)63年(1974)澎南分部奉準(zhǔn)獨(dú)立。民國(guó)67年(1978)，因二級(jí)離島虎井人口增加，成立虎井分部，維持至今。
本校創(chuàng)立之初，佔(zhàn)地廣達(dá)三點(diǎn)八公頃，為澎湖當(dāng)時(shí)唯一有三樓校舍之國(guó)中，建有育英齋供離島學(xué)生住宿。
民國(guó)82年(1993)至85年(1996)間，因重新拆建，新校舍落成後規(guī)劃有美麗的中庭花園，原位於南側(cè)的校門遷至西側(cè)，目前校園已煥然一新。
今日的校本部屬於離島偏遠(yuǎn)地區(qū)學(xué)校，學(xué)區(qū)為石泉、東衛(wèi)、興仁、中山國(guó)小(包含石泉里、菜園里、前寮里、光華里、東衛(wèi)里、安宅里、興仁里、烏崁里、案山里、望安鄉(xiāng)花嶼村)。虎井分部屬於離島特殊偏遠(yuǎn)學(xué)校，學(xué)區(qū)僅虎井國(guó)小(虎井里)。
