本校於民國三十四年四月廿九日成立。其原名為高雄州立恆春女子農(nóng)業(yè)實踐學(xué)校，主持者為日人中蘭昌一，因受二次世界大戰(zhàn)之影響，時值第二次世界大戰(zhàn)末期，盟軍轟炸，終未開學(xué)。
迨光復(fù)以後，卅四年十一月十日，始由高雄縣接管委員會派恆春國民學(xué)校陳校長敏夫接管籌備，慘澹經(jīng)營，暫借恆春國校開學(xué)上課，至三十四年十一月，奉命更名為高雄縣立恆春初級中學(xué)，並派陳敏夫兼第一任校長，民國卅六年二月一日，謝清芬先生來校接掌第二任校長，校址遷至文化路三十二號。
民國三十六年六月，謝校長因病呈準(zhǔn)辭職，至民國卅六年七月卅一日，王秀男先生接掌為第三任校長，建教室兩間，修建單身宿舍。民國三十八年十一月一日，王校長去職，由殷其藻先生接掌為第四任校長，陸續(xù)增班，並增購校地。
殷其藻接任校長在職達(dá)十一年，得地方人士支助，先後增建校舍，添置圖書儀器。略具雛型。卅九年十月，臺灣實行新行政區(qū)域，乃隸屬屏東縣管轄，更名屏東縣立恆春初級中學(xué)。
至民國四十四年暑期，惟以地處偏僻，學(xué)生外出升學(xué)不便，聯(lián)銜呈設(shè)高中部。四十四學(xué)年度奉準(zhǔn)試辦高中一班。因校地狹隘，四十五年夏乃商之恆春國?；ヒ拙钩桑Ｖ方粨Q至文化路二十八號（學(xué)?，F(xiàn)址）。
四十五年十一月奉令升格為屏東縣立恆春初級中學(xué)，復(fù)以集會無所，遂籌建
中山堂一座，四十八年五月，樹人堂正式落成。四十九年十月，殷校長奉調(diào)轉(zhuǎn)任苗栗縣立竹南中學(xué)校長，遺缺由董世臣奉命接長。
民國四十九年十一月五日董世臣先生接掌為第五任校長，對各種藝能科教室建樹頗多，先後添建教室三間，圖書室、理化實驗室、家事教室各一間。至此建建設(shè)稍具規(guī)模。
五十二年十一月廿九日董校長他調(diào)，陳廷輝先生接掌為第六任校長，在職十二年，大興土木，經(jīng)費高達(dá)千餘萬元，自到職之日起，即殫精竭慮，積極創(chuàng)建，本校學(xué)生班數(shù)自高中三班初中十七班增至高中六班，初中廿五班，其他建設(shè)如：傳達(dá)室、籃球場、自來水塔、腳踏車棚、鋪設(shè)水泥地面及柏油路面、建花圃、安裝鐵門、砌圍牆、修漆校舍、興建噴水池懷恩亭、總統(tǒng)銅像、孔子銅像以及中正大樓、樂道大樓各一棟、恆中新村、教職員兩層宿舍卅棟，亦經(jīng)建造完竣，本校始具宏規(guī)。
本校自五十七年八月一日起改為恆春國民中學(xué)，專責(zé)國教任務(wù)。 六十四年八月十六日，校長陳廷輝奉調(diào)接掌桃園縣立仁美國中（再轉(zhuǎn)任臺南縣立關(guān)廟國中校長），李亞君接掌為第七任校長，到職後即加強教學(xué)功能，提高讀書風(fēng)氣，廣植樹木，興建體育館。
六十七年新建視聽、理化教室及教職員餐廳等。六十八年續(xù)建家事工藝教室。七十一年五月間破土興建學(xué)生活動中心一座。民國七十二年八月二十六日鄭福源先生接任為第八任校長，統(tǒng)合已有之基礎(chǔ)，努力於教育工作的推展。
民國七十六年八月二十二日林正義先生接掌為第九任校長，更秉持教育理想，貫徹五育均衡發(fā)展。至民國七十八年八月二十六日林偕勝先生接掌為第十任校長，到任以來，致力於教育革新與校舍重建，身先士卒，甚得地方父老之支持與好評，升學(xué)率、生活教育及各項軟硬體建設(shè)均大有進(jìn)步。更秉持教育理想，以「貫徹實施德、智、體、群、美五育均衡發(fā)展，務(wù)期陶鑄成活活潑潑的好學(xué)生，做個堂堂正正的好國民」為目標(biāo)。
九十年一月林校長他調(diào)，由代理校長李飛龍主任接充，九十年八月蕭耀宗先生接掌為第十一任校長，到任以來，致力於教育的革新，身先士卒，起身示範(fàn)，甚得地方父老之持及好評，期使學(xué)生之生活教育大步向前及升學(xué)工作之提升。
九十四年八月林偕勝先生重新接掌第十二任校長，展望未來，仍充滿無限的遠(yuǎn)景，開創(chuàng)機(jī)運，促其另一個新里程碑的實現(xiàn)。
九十六年六月由李飛龍主任及縣府特派王文華參議分別暫代上下學(xué)期校長，持續(xù)推動本校校務(wù)運作。
九十七年八月原車城國中教務(wù)主任邱幗英接任第十三任校長，成為恆春國中首位女校長。到職之後全力締造愉快學(xué)習(xí)環(huán)境，培養(yǎng)學(xué)生才德兼?zhèn)?，並養(yǎng)成健全人格及正確價值觀，讓每位同學(xué)活出信望愛。
