根據《江蘇省物價局江蘇省財政廳關于公辦高等學校學費標準等有關問題的通知》(蘇價費[2014]136號)文件精神，2023年南京農業(yè)大學普通本科招生專業(yè)中，文科類專業(yè)收費5200元/人·年，理科類專業(yè)收費5500元/人·年，工科類專業(yè)收費5800元/人·年，農林類專業(yè)收費2500元/人·年，藝術類專業(yè)收費6800元/人·年，其中部分優(yōu)勢學科專業(yè)學費上浮10%。少數(shù)民族預科班在預科階段的學費以江蘇省物價局批復的標準為準。具體各專業(yè)收費標準請參考學校相關網站介紹。
根據《高等學校社會化學生公寓收費管理暫行辦法》(蘇價費[2002]369號)文件精神，2023年南京農業(yè)大學本科生住宿費收費800-1200元/人·年。